Windows Installerで.Net Frameworkを使用したプログラムのインストーラーを作成すると、自動的に.Net Frameworkのバージョンをみて、起動条件のSupportedRuntimes(VS.NET2003の場合)にバージョンを設定するみたいです。

起動条件エディタの使い方: .NET Tips: C#, VB.NET, Visual Studio

そのため違うバージョンしか入っていないPCではインストール時にメッセージが出て、SupportedRuntimesのバージョンのインストールを促されてしまいます。
これを回避するには、SupportedRuntimesに許可するバージョンをセミコロン(;)で区切って指定する必要があるとのこと。

バージョンはCLRのバージョンまで指定する必要があるので、Wikipediaを参考に。
.NET Framework - Wikipedia

はまったのが、3.5 SP1しかインストールしていないPCの場合は、2.0のバージョン(2.0.50727)も記述しないといけない点。Wikipediaをよく読むとわかるけど、3.0、3.5は2.0ベースにクラスを追加しただけのようで、CLRのバージョンは2.0から変わっていないから、というのが理由らしい。